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Text File  |  1995-03-04  |  2.9 KB  |  59 lines
  1. ******************************
  2. * Cytochrome b/b6 signatures *
  3. ******************************
  4.  
  5. In the mitochondrion of eukaryotes and in aerobic prokaryotes, cytochrome b is
  6. a component of respiratory chain complex III (EC 1.10.2.2) - also known as the
  7. bc1 complex or  ubiquinol-cytochrome c reductase.  In plant  chloroplasts  and
  8. cyanobacteria, there is a analogous protein, cytochrome b6, a component of the
  9. plastoquinone-plastocyanin reductase  (EC  1.10.99.1),  also  known as the b6f
  10. complex.
  11.  
  12. Cytochrome b/b6  [1,2]  is  an  integral membrane protein of approximately 400
  13. amino acid residues that probably has 8 transmembrane segments.  In plants and
  14. cyanobacteria, cytochrome  b6    consists  of two subunits encoded by the petB
  15. and petD  genes. The sequence of petB is colinear with the  N-terminal part of
  16. mitochondrial  cytochrome b,  while  petD  corresponds to the C-terminal part.
  17. Cytochrome b/b6  non-covalently binds two heme groups, known as b562 and b566.
  18. Four conserved  histidine  residues  are  postulated  to be the ligands of the
  19. iron atoms of these two heme groups.
  20.  
  21. Apart from regions around some of the histidine heme  ligands, there are a few
  22. conserved regions in the sequence of b/b6. The best conserved of these regions
  23. includes an  invariant P-E-W triplet which lies in the loop that separates the
  24. fifth and sixth transmembrane segments.  It seems to be important for electron
  25. transfer  at the   ubiquinone redox site - called Qz or Qo (where o stands for
  26. outside) - located on the outer side of the membrane.
  27.  
  28. A schematic representation of the structure of cytochrome b/b6 is shown below.
  29.  
  30.                    +---Fe-b562----+
  31.                    | +---Fe-b566--|-+
  32.                    | |            | |
  33.         xxxxxxxxxxxHxHxxxxxxxxxxxxHxHxxxxxxxxxxPEWxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  34.         <------------------Cytochrome-b---------------------------->
  35.         <----Cytochrome-b6-petB---------><--Cytochrome-b6-petD----->
  36.  
  37. We developed  two  signature  patterns for cytochrome b/b6. The first includes
  38. the first conserved histidine of b/b6, which is a heme b562 ligand; the second
  39. includes the conserved PEW triplet.
  40.  
  41. -Consensus pattern: [DENQ]-x(3)-G-[FYWM]-x-[LIVMF]-R-x(2)-H
  42.                     [H is a heme b562 ligand]
  43. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  44.  for Paramecium tetraurelia cytochrome b.
  45. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Caenorhabditis elegans hypothetical
  46.  protein ZK757.3.
  47.  
  48. -Consensus pattern: P-E-W-[FY]-[LFY](2)
  49. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  50.  for Odocoileus hemionus (mule deer) and Paramecium tetraurelia cytochrome b.
  51. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  52.  
  53. -Last update: June 1994 / Text revised.
  54.  
  55. [ 1] Howell N.
  56.      J. Mol. Evol. 29:157-169(1989).
  57. [ 2] Esposti M.D., De Vries S., Crimi M., Ghelli A., Patarnello T., Meyer A.
  58.      Biochim. Biophys. Acta 1143:243-271(1993).
  59.